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所谓的组织形式筹划方法是把一个企业分为两个或多个企业。这是一个相对来说比较有效的筹划方法，因为通过分离，不仅可以降低资产、雇员、应税收入以及其他三项小型微利企业核心指标，同时还可以提高费用限额扣除基础。比如，把销售部门设为独立核算的销售公司，把产品卖给销售公司，这样销售公司就能实现对外销售，这样就能直接获得将近两倍的销售收入，达到提高广告费和业务招待费扣除基数的目的。另外，分离后的增值税有可能减少(一般纳税人转变为小规模纳税人)，可以说一举两得。
但如果这一方法运用不当，筹划也会失败。
例:A公司从事水泥生产和销售，2018年应纳税额为所得650万元。该企业有一个规模较小的B分公司，负责后续投资水泥生产线的建设和运营。为使 B公司享受小微企业税收优惠，企业将在2020年12月注销 B公司，作为独立核算子公司注册。2021年，A公司应纳税所得600万元，B公司新建生产线建设周期长，投资大，亏损310万元。
分析：如果B公司仍然是分公司，2021年应纳税总额为(600-310-100)*10%+100*5%=24万；
采用母子公司的形式后，既然是支付所得多带带征税，没有办法抵消甲和乙的利润亏损，因此，总额所得应纳税额为600*25%=150万元。不仅没有少缴，还多缴所得税150-24=126万元！
采用组织形式的方式，不能仅仅为了享受小微企业所得税优惠而强制筹划。要根据企业的实际情况，综合考虑行业特点、生命周期、管理成本、融资困难、现金流、企业声誉等因素，作出不同的选择：例如，不同地方的企业所建立的项目，内部只提供相关服务；而对于需要跨省、高风险建立分公司的项目，则应采取分公司的形式。
另外，如果筹划采用存货计价方法，购买大量固定金额资产并一次性扣除，筹划不能仅仅考虑减税的好处。而要根据企业的实际情况，综合考虑财务目标、税后利润的融资难度、资金占用等因素。举例来说，在存货计价方法中，节税效益最大，现金流最大的方案的税后净利润最低。这时，企业必须权衡利弊，根据自身情况做出最佳选择。